主に PDB に登録されている分子や、PubChem / DrugBank / LigandBox (KEGG DRUG) などに登録されている各種化合物が対象となります。表示だけなら、ほぼすべての PDB や化合物の 3D 表示ができます。
問題は、原子・ボンド情報などの力場情報をモデルに正確に反映して、MD 計算やドッキング計算ができるかですが、タンパク質、化合物、金属、水分子、核酸の計算ができます。
タンパク質のアミノ酸は、化学修飾した40種類のアミノ酸 + α が計算できますが、それ以外は、tplgeneX ※ の DB (AMBER f99 ベース) に登録されてないので計算できません。化合物については、Hgene ※ で PDB –> mol2 ファイルに変換できないものがまれに存在しますが、それは計算できません。Hg など一部の金属と錯体の配位結合は、計算対象外です（3D 表示はできます）。大部分の錯体については、金属の配位結合が存在しないものとして計算します。
MD 計算においては、チェイン内の S-S 結合はすべて計算できますが、分割したチェイン間の S-S 結合は現バージョンでは無視して計算します。
以上の実例は、「PDB 計算例」のページにあります。例のタイトルで、excellent、poor、fair とあるのはそれぞれ以下の通りです。
- excellent ： タンパク質の末端処理、S-S 結合の生成、すべての分子の欠損した水素原子の付加、エネルギー極小化計算、MD 計算がすべて正常に終了した系
- fair ： タンパク質の チェイン間の S-S 結合を無視して MD 計算した以外は、すべての計算が正常に終了した系
- poor ： tplgeneX や Hgene で計算できない分子を含む系
計算できない分子は簡単に削除できますので、削除すると残りの分子団が計算できるようになります。
※ tplgeneX : myPresto の中で、タンパク質の力場を形成する重要なプログラム。tplgeneX の DB (AMBER ff99SB/ff99 ベース) に登録されている 40 種類のアミノ酸 ＋ α は計算できますが、それ以外を計算したいときは、DB を編集する必要があり、高度な技術を要します。
※ Hgene : myPresto の中で、PDB –> mol2 ファイル変換などをするプログラム。
