大きなトラジェクトリファイルを読み込んだ後に動画を表示しないです。また、タイムステップ数の長いMD計算をした後に動画を表示しないです。

上の画面が出るとき、Java 起動時のメモリが不足していることが考えられます。

以下のファイルを編集して、メモリを増やしてから起動し直してみてください。

Windows の場合:
C:\Program Files\MolDeskBasic\MolDesk.ini (デフォルトでインストールした場合、Basic)
C:\Program Files\MolDeskScreening\MolDesk.ini (デフォルトでインストールした場合、Screening)

Linuxの場合:
MolDesk_Basic_Linux64/MolDesk.ini (ユーザが解凍したディレクトリ、Basic)
MolDesk_Screening_Linux64/MolDesk.ini (ユーザが解凍したディレクトリ、Screening)

Macの場合:
/Applications/MolDeskBasic.app/Contents/Eclipse/MolDesk.ini (Basic)
/Applications/MolDeskScreening.app/Contents/Eclipse/MolDesk.ini (Screening)

-vmargs
-Xmx120000m

・・・

↓　最大使用メモリを 120GB から 240GB へ増やして起動する場合。赤の数値を大きくする。使用マシンのメモリ量を考慮して指定してください。

-vmargs
-Xmx240000m

・・・