4GQQの場合は、tplgeneXを使う処理で下記エラーがConsole画面に出てます。
ERROR> getDBResInfo
The residue(PCAN+) does not exist in DB file.
タンパク質の第１番目のN末端の残基、PCAがtplgeneXの力場DBに存在してないことが原因です。
念のため力場DBの中身を見てみたのですが、末端でない場合は、PCA残基のデータは力場DBに存在していましたので、もし末端になければ計算できたと思います。
これの対処法ですが、２通りあります。
- 構造上差しさわりなければ、この末端残基(1 PCA)をツリー表示画面で選択して、[Delete]コマンドで消去してしまう。
- 構造物として残したい場合は、(1 PCA)をツリー画面で選択して、[Mutate Residue]コマンドで、他の残基に変換してしまう。そうすると、計算を先に進めることができます。
残念ながら、N末端PCAのまま計算することは、現状ではできません。
N末端PCAの力場DBを作成する必要があり、これはmyPrestoを作成した研究者に依存している部分で弊社では不可能です。
