文献に記載されている残基番号と比較したいのですが、PDBの残基番号は保存されますか？

結晶水以外の残基番号はすべて保存されます。

Minimize 計算、MD 計算、ドッキング計算後も残基番号は保存されますので、文献との比較を容易に行うことができます。
保存した例はこちら。