機能の大幅な追加に伴い、画面レイアウトも含めて、使いやすさを改良しました。
- 「Ligand Info画面」を新設し、系の全化合物の2D構造式と、合成容易性(SA)をリアルタイムに表示
- 新規に、「手動ドッキング」の計算機能を追加。この計算機能を使ったときに、「Ligand Info画面」に結合自由エネルギーΔGを表示
- ドッキング計算結果（ΔG、スコア、RMSD）を、「Ligand Info画面」にリスト表示
- ドッキング計算結果の複数のドッキングポーズ候補分子の3D表示を、簡単に切り替えできる機能を「Ligand Info画面」に付加
- 「Auto Docking」全自動ドッキング計算の追加
- マウスホイールによる拡大・縮小
- センタリング機能を1種類から3種類に追加
- selectメニュー(select内容35項目)の追加
- 選択の解除ボタン、メニューの追加
- モデルの重ね書き可
- Color選択のメニュー項目の追加
- ColorのChainで、分子内Chainだけで色分けしていたが、すべての分子間で色分け可
- Label表示を５種類から選択可
- 3D表示で、ユーザが原子単位で細かく設定した描画内容を、そのまま保存可能にし、履歴に残し、UNDOしたとき再確認可
- インターネット経由でPDBの読み込み
- アナグリフによるステレオ表示
- 投影法の切り替え機能の追加
- Solvate(溶媒水・イオンの付加）で、系のサイズを実数入力可
- 結晶水の初期表示をLineからBall and Stickに変更 (Lineだと、酸素原子１個の場合表示されないので）
- ポケット作成時の、ポケット作成機能の修正 (ポケットを表現する半透明のポリゴン球の表示。中心座標の選択を、3D表示だけでなくツリー表示でも可。中心原子は複数選択可、その場合は平均座標。)
- ポケット作成機能を「Make Pocket」と別メニュー化。
- 簡易ポケット探索機能の追加
- 履歴をUNDOしてプログラムを終了したときに、それ以降の履歴を消去していたが、消去しないで残すよう変更
- 「Insert from file」で、ポイントファイルも入力可
- 個別分子にtplファイルがある場合、出力可
- 水素結合表示で、化合物の分子内の水素結合を表示
- 水素結合表示で、距離のしきい値と角度のしきい値の変更可
- 3D表示でクリックした原子情報を、jV Consoleに表示するようにし、連続2点クリックしたときは、距離も表示するようにした。
- 入力PDBの結晶水以外の分子の残基番号の保存
- Preference画面で設定項目の追加
バグ修正
- エネルギー極小化計算や、MD計算を連続2回行ったときに、3D画面で位置拘束原子を選択したときに、2回目の計算に拘束原子の情報が正しく渡ってなかったバグの修正。
- その他、細かいバグの修正。
