機能追加 Basic
- [Insert from file] で、point.pdb というファイル名の PDB ファイルを読み込んだときは、ドッキング計算のポイントファイル（ポケットのプローブ点集合）として読み込むようにした。
- Center ボタンで任意の選択分子・原子を 3D 表示の中心に移動したときに、適度なサイズで 3D 画面に収まるように自動的に拡大・縮小するようにした。
- 2次元エディター (JChemPaint) の mol ファイル出力で、atomic bond(4) を有効にした。
- GROMACS のトラジェクトリ解析結果ファイル ( xvg, xpm, dssp, pca, H-bond ) を読み込み複数の 2次元グラフを同時に表示して、GROMACS 出力のトラジェクトリの動画とすべての 2D グラフが連動（同期）するようにした。GROMACS で解析した2次構造 ( dssp ) や水素結合の時間変化も動画と連動して表示する。2次元グラフの横軸、縦軸は任意に拡大表示可能（MD Analysis 画面）。詳細はこちら。
- GROMACS のトラジェクトリファイルは、ファイルセレクタで拡張子 xtc に限定した。
- myPresto の MDプログラムのトラジェクトリ解析で、任意の原子2点間の距離と、任意の原子2点のなす面と、任意の原子2点のなす面の2面角の時間変化グラフ表示を可能にした。グラフは動画と時間連動して表示する。
- 動画表示中の 3D 表示画面で、マウスによる原子選択を可能にした。
- Import Trajectory や Open Project でトラジェクトリファイルを読み込んだときに、メモリ不足が生じたときに警告画面を表示するようにした。
- [Convert to 3D Mol] や [Docking] などで、多数のファイルを multifile セレクタ―で選択するときに cancel したときは、database ディレクトリを作成しないようにした。
- [Convert to 3D Mol] で、電荷生成方法を、MOPAC7 AM1 と MOPAC7 AM1BCC から選択できるようにした。
- [Select] – [Atoms within within d angstrom] で選択された残基番号を、Console に表示するようにした。レセプターのポケットを構成する残基番号リストとして、sitemap など他のプログラムの入力として使える。
- 最新バージョンの存在を、moldesk.com サーバの情報でチェックして、上位のバージョンがある場合に画面表示するようにした。Preference 画面で、この機能は停止可能。
- About MolDesk 画面で、上位の最新バージョンがある場合は表示するようにした。
- MolDesk のプロジェクトでないディレクトリを Open Project で開いたときにエラー表示するようにした。
- MD Analysis 画面の動画コントローラーの spinner のサイズが小さく表示されていたが、すべての桁が表示されるようにした。
- Console 画面の横スクロールバーの設置
バグ修正
- 分子を [Delete Molecule] で削除した直後に、[File] – [Export PDB] で全系の PDB を出力するときに、削除する前の PDB を出力するバグ修正。
